Nagtatag ang mga Hapones ng isang pamahalaang tau-tauhan lamang nila, na ang nagsisilbing pangulo ay si Jose P. Laurel na mas kilala sa pamahalaang "puppet" o "puppet government."
Noong Oktubre 1944, nagsimula ang digmaan ng pagpapalaya sa Pilipinas mula sa mga Hapones nang lumapag ang mga puwersa ni Douglas MacArthur sa Tangway ng Leyte. Naproklaman bilang bagong pangulo ng Pilipinas si Sergio Osmeña nang mamatay si Manuel Quezon.
Malakas na nabomba ng mga sundalo ng Estados Unidos ang Maynila noong Pebrero 1945. Nasukol ng mga Amerikano ang mga puwersang militar ni Heneral Homma sa Lalawigang Bulubundukin (Mountain Province), na napilitang sumuko noong mabigo ang mga ito sa tinatangka nilang pagtakas.
