Idineklara noon ni Bonifacio na walang bisa ang naganap na eleksyon noong nahalal si Emilio Aguinaldo dahilan sa pandaraya sa botohan ng mga Magdalo.
Dahil dito, kinasuhan si Bonifacio ng sedisyon at pagtataksil. Ipinahuli at ipinapatay ni Aguinaldo sa kanyang mga tauhan.
Iniutos kay Mariano Noriel na ibigay ang hatol sa isang selyadong sobre kay Lazaro Makapagal. Iniutos ang pagbaril kay Bonifacio kasama ang kanyang kapatid na lalaki na si Procopio Bonifacio noong ika-10 ng Mayo, 1897 malapit sa Bundok Nagpatong (o Bundok Buntis).
Noong 1918, ang pamahalaang ginawa ng Amerika sa Pilipinas ay nagpasimula ng paghahanap sa mga labi ni Bonifacio sa Maragondon.
Isang pangkat ng mga pinúnò ng pamahalaan, mga dating rebelde, at isang kinilalang tagapaglingkod ni Bonifacio ang nakahanap ng mga buto na sinasabi nilang mula kay Bonifacio sa isang tubuhan noong ika-17 ng Marso.
Inilagay nila ang mga buto sa isang urna at ibinigay sa pangangalaga ng Pambansang Aklatan ng Pilipinas.
Noong Ikalawang Digmaang Pandaigdig, sinakop ng mga Hapón ang Pilipinas. Ang mga buto ay nawala dahil sa malawakang pagkasira at nakawan noong Digmaan ng Maynila noong Pebrero 1945
