Sinakop ng mga bansang Porugal, Netherlands at England ang iba't ibang bahagi ng Indonesia. Ang Ternate ng Moluccas ay sinakop ng mga Portuges. Ang Amboina at Tidore ay inagaw ng Netherlands mula sa Portugal na panandaliang nakuha ng England ngunit binalik din sa Netherlands. Samantalang ang Batavia, o Jakarta, ngayon ay nasakop din ng Netherlands.
Mayaman ang Indonesia sa pampalasa kaya pinilit na marating ito ng Portugal noong 1511. Nagtayo sila ng himpilan ng kalakalan dito at nagsimulang palaganapin ang relihiyong Kristiyanismo. Pinaalis ng mga Dutch ang mga Portuges noong 1565 at sinakop ang isla ng Amboina at Tidore sa Moluccas gamit ang mas malakas na pwersang pandigma. Upang mapanatili ang kanilang kapangyarihan, nakipag-alyansa ang mga Dutch sa mga lokal na pinuno ng Indonesia, Gumamit din sila ng divide and rule policy upang mapasunod ang mga nabanggit na isla. Dahil dito nagkaroon ng monopolyo sa kalakalan ng mga pampalasa ang mga Dutch. Lalo pang napatatag ng Netherlands anf monopolyo nang itatag ang Dutch East India Company. Pansamantalang nakuha ng England ang Moluccas dahil sa epekto ng Napoleonic Wars subalit nabalik din ito matapos ang digmaan.
