Parehong naging magulo ang sitwasyong pulitikal ng dalawang bansa nitong mga nakaraang taon. Maraming pagkakahawig ang Pilipinas at Indonesia hindi lamang sa pulitika kundi maging sa kasaysayan. Idagdag pa rito na ang Pilipinas at Indonesia ay parehong miyembro at sumusuporta sa Association of Southeast Asian Nations (ASEAN) na itinatag para sa pagsulong ng ekonomiya at matatag na ugnayang pulitikal sa ating rehiyon.